Hiệu lực của giấy chứng nhận GMP có hiệu lực trong vòng 3 năm. Tuy nhiên hiệu lực của giấy chứng nhận có thể rút ngắn trong những trường hợp đặc biệt.
Bởi vì giấy chứng nhận GMP tham chiếu đế một đợt kiểm tra cụ thể, do đó, có thể sẽ không được cấp lại hoặc cấp mới cho đến khi một đợt thành tra mới được hoàn thành với đầy đủ thủ tục hậu kiểm.