Có bốn nguyên tắc áp dụng để kiểm soát các vi sinh vật trong không khí trong phòng sạch.
● Lọc (thông qua việc sử dụng các bộ lọc HEPA).
● Pha loãng (để đảm bảo rằng các hạt bụi được tạo ra trong phòng sạch, đặc biệt là các hạt đi qua bộ lọc, được mang đi bằng cách pha loãng khu vực
● Luồng không khí có hướng (để đảm bảo rằng không khí thổi ra khỏi các vùng quan trọng, vì các hạt và vi sinh vật không thể "bơi ngược dòng" chống lại luồng không khí có hướng)
● Chuyển động không khí (tốc độ gió được di chuyển là yếu tố quan trọng miễn sao các hạt vi sinh vật lơ lửng trong không khí chúng thực sự không phải là vấn đề, vì chỉ khi chúng đọng xuống thì chúng mới trở thành nguyên nhân thực sự gây ô nhiễm)
● Các sinh vật nếu không bám lại trong phòng thí chúng không phải là những nguy cơ gây ô nhiễm phòng sạch. Chỉ khi chúng bám lại mới trở thành nguyên nhân gây ô nhiễm thực sự.