Có một số loại sự cố ô nhiễm có thể xảy ra trong phòng sạch. Những điều này có xu hướng xảy ra bởi vì:
a) Nước đọng lại trên các tầng tạo điều kiện cho vi sinh vật phát triển;
b) Thiết bị sử dụng ẩm ướt;
c) Thiết bị sạch sẽ không được cách ly thích hợp với thiết bị ẩm ướt;
d) Việc làm sạch và khử trùng không được thực hiện với tần suất xác định;
e) Phòng đệm ( Air lock) không mở hoặc đóng không đúng cách, cho phép khu vực bị ô nhiễm di chuyển giữa các khu vực;
f) Nhân viên ăn mặc không đúng cách và để ô nhiễm lây lan.
