Phòng sạch được thiết kế để giảm thiểu và kiểm soát ô nhiễm. Có nhiều nguồn ô nhiễm, bầu khí quyển chứa hạt bụi, vi khuẩn, chất ngưng tụ và khí. Quá trình điều chỉnh do con người cũng sẽ tạo ra một số loạt chất gây ô nhiễm. Bất cứ nơi nào có quá trình xay xát, ăn mòn, bay hơi, làm nóng, phun, quay, v.v., các hạt và khói bụi được phát ra và sẽ làm ô nhiễm môi trường xung quanh.
Con người là nhân tố góp phần lớn nhất vào gia tăng ô nhiễm trong phòng sạch. Con người thải ra mùi cơ thể, da chết, vi sinh vật, dầu da, v.v. Người bình thường trung bình loại bỏ 1.000.000.000 tế bào da mỗi ngày và 10 % trong đó là các vi sinh vật. Điều này nói lên tầm quan trọng của việc mặc quần áo đúng quy định phòng sạch khi đi vào môi trường này.
Điều lý tưởng nhất là mọi chất ô nhiễm đều loại bỏ khỏi phòng sạch , tuy nhiên điều đó là khó xảy ra. Hầu hết các vi sinh vật trong phòng sạch đều có trong không khí. Nếu các vi sinh vật này đọng lại trên bề mặt khô thì khả năng sống sót của chúng là rất ít. Vì vậy mối quan tâm lớn nhất là hơi nước, nước, nó là nguồn phát triển cho các vi sinh vật. Đứng sau con người, yếu tố nước, hơi nước và độ ẩm chính là nhân tố gây ô nhiễm thứ hai. Đây là một vấn đề quan trọng đối với nước vì nó là thành phần chính vì nhiều sản phẩm, và được sử dụng rộng rãi thông qua các khu vực sản xuất chính
